Фамилия Пахнеев звучит как нечто тягучее, почти осязаемое, и это неслучайно. В её основе лежит глагол «пахнуть», но не в современном бытовом значении «издавать запах», а в древнерусском — «веять, дуть». В говорах слово «пахнуть» означало «обдавать ветром, струей воздуха». Отсюда и прозвище Пахней — так могли назвать человека, который быстро ходит, создавая за собой ветерок, или того, кто жил на продуваемом всеми ветрами месте. Модель образования проста: к основе на -н- добавили суффикс -еев, обычный для фамилий, произошедших от прозвищ или прилагательных (ср. Скорбеев, Харчеев).

Суффикс -еев, а не более привычный -ов, указывает на то, что исходное слово оканчивалось на мягкий согласный или на -ей. В данном случае — на -ей: Пахней. Важно не путать эту фамилию с Пахомовым или Пахотиным, которые восходят к каноническому имени Пахомий. Пахнеев — чисто прозвищная фамилия, без церковного следа. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное слово «пахнуть» было в ходу: в костромских, вятских, архангельских говорах. Это наводит на мысль, что предки Пахнеевых были из крестьянской или посадской среды, где меткие уличные прозвища закреплялись за родом.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «пахнуть» означало также «раздуваться, пухнуть» — например, о тесте или о набухающих почках. Тогда Пахней мог быть прозвищем полного, дородного человека. Но эта гипотеза слабее: основное значение глагола в старых текстах устойчиво связано с движением воздуха, а не с объёмом. В любом случае, фамилия редкая, не входит в списки массовых русских фамилий, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных гнёзд, разошедшихся по стране в XIX–XX веках.