Фамилия Пахнева — женская форма, а мужская, Пахнев, образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс принадлежности -ев. Этот суффикс указывает на «сына» или «человека из рода» того, кто носил исходное имя или прозвище.

Основа — Пахн(я). Сразу напрашивается связь с глаголом «пахнуть», но вряд ли предка прозвали за запах. В русских говорах слово «пахнуть» имело и другое значение — «дуть, веять». Ветреного, порывистого человека вполне могли окрестить Пахней. Но есть и более вероятная версия: Пахня — это производная форма от крестильного имени Пахомий (в просторечии Пахом). Уменьшительные имена вроде Пахня, Паханя, Пахомка были обычны в крестьянской среде. Фамилия Пахнев, таким образом, могла означать «сын Пахни», то есть потомка Пахомия.

Менее распространённый, но возможный вариант — происхождение от прозвища, связанного с ремеслом. В диалектах «пах» или «пахва» — часть конской сбруи, подхвостник. Мастер, делавший такую упряжь, мог получить прозвище Пахня. Однако эта версия слабее: суффикс -ев в таком случае чаще присоединялся бы к основе «Пахов», а не «Пахнев».

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России — там, где имя Пахомий было особенно популярно благодаря почитанию святого Пахомия Великого. Встречаются также однокоренные фамилии Пахомов, Пахомовский, Пахнин — все они восходят к тому же имени, но с разными суффиксами. Пахнев — более редкий вариант, сохранивший старую народную форму имени.