Фамилия Пахнина — женская форма от Пахнин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Перед нами модель на -ин, одна из самых распространённых в русских фамилиях. Такие фамилии образовывали от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Пахня → Пахнин. Суффикс -ин указывал на принадлежность: «сын Пахни» или «из семьи Пахни». Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от личного имени или прозвища отца.

Основа — Пахня. Это уменьшительная форма от канонического крестильного имени Пахомий. В православных святцах Пахомий Великий — египетский монах IV века, основатель общежительного монашества. Имя греческого происхождения, означает «широкоплечий» или «толстощёкий», но в быту на Руси его переделали в короткое и удобное Пахня. Такой способ сокращения имён (Пахомий → Пахня, Фаддей → Фадя, Сила → Силаня) был обычным в крестьянской и посадской среде.

Есть и другая, менее вероятная версия: Пахня могло быть нецерковным прозвищем. В северных говорах «пахня» иногда называли неряшливого или неопрятного человека (от глагола «пахнуть» в смысле «издавать запах»). Но для фамилии Пахнин этот вариант стоит на втором плане: слишком много примеров, когда Пахнины выводили свой род от Пахомиев, и документальные записи XVI–XVII веков это подтверждают. Например, в переписных книгах Новгородской земли встречаются крестьяне Пахнины — потомки некоего Пахни, то есть Пахомия.

Географически фамилия Пахнина не привязана к одной области, но чаще встречается в регионах, куда в XVI–XVII веках переселялись крестьяне из новгородских и псковских земель: Вологодчина, Архангельская область, Вятка. Это объясняется тем, что имя Пахомий было особенно популярно на Русском Севере — в честь местночтимых святых, например, Пахомия Кенского.

Социальный контекст: Пахнины в большинстве своём — крестьянский род. Дворянских ветвей с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано. Фамилия нередкая, но и не массовая: по данным современных справочников, в России её носят несколько тысяч человек, преимущественно женщины (Пахнина) и мужчины (Пахнин). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Па́хнина, хотя в некоторых говорах возможно смещение на второй.

Однокоренные фамилии: Пахомов, Пахомовский, Пахомцев. Пахнины стоят к ним в том же отношении, как Ивашкины к Ивановым — более «домашняя», уменьшительная форма того же имени.