Фамилия Пахнин образована от просторечной формы крестильного имени Пахомий. В быту и документах XVII–XIX веков это имя часто сокращали до Пахня — так же, как Пахома превращали в Пахомку, а полное имя давали только в церковных записях.

Имя Пахомий греческого происхождения (Pachomios — «широкоплечий», «могучий»), но в русской традиции оно закрепилось благодаря преподобному Пахомию Великому, основателю общежительного монашества. Однако фамилию Пахнин давали не в честь святого напрямую, а по домашнему прозвищу человека, которого в семье или в деревне звали Пахня.

Суффикс -ин указывает на модель «чей сын»: Пахнин буквально значит «сын Пахни». Это типичная русская патронимическая фамилия, распространённая в северных и центральных губерниях, где форма на -ин встречается чаще, чем на -ов, особенно если основа оканчивается на -а или -я.

В отличие от фамилии Пахомов, которая образована от полной формы имени, Пахнин сохранила след разговорной речи — той, на которой говорили в повседневности, а не писали в метриках. Поэтому носитель фамилии Пахнин, скорее всего, потомок человека, которого окружавшие звали коротко и по-свойски: Пахня.

Среди однокоренных фамилий — Пахомов, Пахомовский, Пахомкин. Пахнин стоит особняком из-за редкого суффиксального варианта: если бы основой было Пахом, вышло бы Пахомин, но в живой речи победила стяжённая форма. По данным современных ономастических справочников, фамилия встречается в основном в Центральной России и Поволжье, но не входит в число распространённых.