Фамилия Пахненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в переводе означает «маленький» или «сын». В XV–XVII веках этот суффикс закрепился в казацкой среде и стал одним из главных опознавательных знаков украинской ономастики. Пахненко — это буквально «сын Пахна» или «потомок Пахна».

Корень фамилии уходит в крестильное имя Пахом (от греческого «Пахомиос» — «широкоплечий», «могучий»). В народной речи имя Пахом часто сокращали до уменьшительных форм: Пахня, Пахно, Пахнушка. От этих разговорных вариантов и пошли фамилии: Пахомов (русская, с суффиксом -ов), Пахненко (украинская, с суффиксом -енко) и более редкие Пахнюк, Пахнич.

Интересная деталь: в отличие от русской фамилии Пахомов, которая указывает на прямого потомка человека по имени Пахом, Пахненко могло возникнуть и как прозвище. В южнорусских и украинских говорах «пахня» иногда называли человека с сильным запахом (например, рыбака или кожевника), но это значение менее вероятно — церковное имя Пахом было очень распространено среди крестьян и казаков.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкасщина, Сумщина), а также к югу России, куда переселялись запорожские казаки. В реестрах Войска Запорожского XVII века встречаются упоминания казаков с похожими основами, но в современном виде фамилия Пахненко фиксируется в метрических книгах XIX века.

Сословно носители фамилии чаще всего были крестьянами или казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, «мужицкая» фамилия, что не делает её менее ценной для истории.