Фамилия Пахеев — редкий случай, когда корень слова, скорее всего, не славянский, а тюркский, и при этом сама фамилия образована по русской модели. Разбираем её по частям.

Основа «Пахей» или «Пахе» — это, вероятнее всего, искажённое или адаптированное на русской почве тюркское имя или прозвище. В тюркских языках есть корень «пах» или «бах», связанный с понятиями «смотреть», «глядеть», «сторожить», а также с именем Бахей (от «баха» — «дорогой», «ценный»). В русских говорах слово «пахей» не фиксируется как нарицательное, поэтому объяснять фамилию через русскую лексику (например, от «пахать») было бы натяжкой: пахарь — это Пахомов, а не Пахеев.

Суффикс «-ев» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на «й». То есть: Пахей → сын Пахея → Пахеевы. Со временем фамилия закрепилась в форме Пахеев. Если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, мы бы имели Пахеов — такой вариант в языке не прижился.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками шёл активный контакт русского и тюркского населения. Предки Пахеевых могли быть крещёными татарами, башкирами или чувашами, получившими фамилию по имени родоначальника. Прозвище Пахей мог получить человек с острым зрением, сторож или же просто носитель имени, которое в тюркской среде означало «драгоценный».

Версия о происхождении от крестильного имени Пахомий (разговорная форма Пахей) маловероятна: от Пахомия образуется фамилия Пахомов, а Пахеев — это отдельная модель, где основа не «Пахом», а именно «Пахей». Такое расхождение типично для фамилий, возникших не из церковного календаря, а из местных, часто иноязычных имён.

Так что Пахеев — это фамилия-маркер: она указывает на тюркские корни предка по мужской линии, который носил имя или прозвище Пахей, а его потомки, обрусев, оформили фамилию по стандартному русскому образцу.