Фамилия Пинне — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в списках типичных русских фамилий, и её происхождение лежит за пределами восточнославянской модели на -ов/-ев или -ин.

Скорее всего, Пинне — это фамилия немецкого или прибалтийского происхождения. В немецком языке слово «Pinne» имеет несколько значений: руль (штурвал) на судне, штырь или клин. Кроме того, в северной Германии «Pinne» — это диалектное название сосны (от нижненемецкого «Pin»). Таким образом, прозвище могло относиться либо к моряку (рулевому), либо к человеку, жившему у соснового бора, либо к плотнику, работавшему с деревянными штырями. В прибалтийских землях (современные Латвия и Эстония) немецкие фамилии часто получали местные жители, работавшие на немецких помещиков или жившие в городах Ганзейского союза.

Суффикс -е в фамилии Пинне — это не русское окончание, а часть основы. В немецком языке фамилии с таким окончанием нередко передают исходную форму слова без изменений (как, например, фамилия Шилле). Если бы фамилия была русифицирована, она могла бы звучать как Пиннев или Пиннин, но этого не произошло: носители сохранили исходное звучание, что указывает на относительно позднее появление фамилии в русской среде (вероятно, в XIX–XX веках) или на сохранение общиной своей этнической идентичности.

Встретить фамилию Пинне можно в основном среди потомков российских немцев, а также в семьях, переехавших из Прибалтики. В России она остаётся крайне редкой: по данным открытых телефонных справочников, единичные носители живут в Санкт-Петербурге, Калининградской области и в Сибири (куда немцев высылали в годы войны). Поскольку фамилия не имеет славянского корня, её не стоит путать с украинским «пинна» (пенка) или диалектным «пинькать» (пищать) — это ложные этимологии, которые не выдерживают проверки историческими документами.