Фамилия Пепаньян — армянская, и её разговор стоит начать с самого характерного признака: суффикса -ян. Это один из самых распространённых патронимических показателей в армянской ономастике, означающий принадлежность к роду или потомка. Дословно Пепаньян — «из рода Пепана» или «сын Пепана». Если бы фамилия оформилась в русской среде, она выглядела бы как Пепанян, но написание с мягким знаком и буквой «а» перед «н» — это уже особенность кириллической передачи, а не самого армянского корня.

Корень «Пеп» — редкий, и здесь возможны две основные версии, причём обе не противоречат друг другу. Первая: основа восходит к армянскому слову «пеп» (պեպ) — «дед, старик» или, в более узком смысле, «почтенный предок». В таком случае Пепан — это уважительное прозвище или имя, данное старшему в роду. Вторая версия — личное имя Пепан могло быть заимствованным или диалектным вариантом библейского имени, например, Папа (от греч. «папас» — отец), которое в армянских говорах могло трансформироваться в Пепан. Поскольку в армянской традиции имена со значением «отец», «дед» давали как охранительные, чтобы ребёнок рос под защитой предков, обе версии сходятся на том, что родоначальник Пепаньянов носил имя или прозвище, связанное со старшинством и уважением.

Географически фамилия Пепаньян встречается в основном в Армении и в армянских диаспорах — в России, Грузии, США. В самой Армении наибольшая концентрация носителей традиционно прослеживается в областях Сюник и Гехаркуник, хотя точных статистических данных для малой фамилии нет. Суффикс -ян (в западном варианте -янц) окончательно закрепился как фамильный только в XIX веке, когда армянские фамилии стали фиксироваться в метрических книгах и паспортах Российской империи. До этого Пепаньяны могли писаться просто как Пепан или Пепанц, а фамилия передавалась по отцу без жёсткой фиксации.

С социальной точки зрения фамилия не даёт прямых указаний на ремесло или сословие — в отличие от фамилий вроде Мкртчян (от «креститель») или Восканян (от «пастырь»). Пепаньян — чистая патронимика, и предки её носителей могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и священниками. Единственное, что можно сказать с уверенностью: основатель рода был человеком, которого в округе называли Пепаном — либо по возрасту, либо по должности (староста, старшина), либо просто по имени, которое со временем забылось, оставив лишь эту фамилию.