Фамилия Пепегончук — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, а его смысл можно разобрать по частям, как старый механизм. Основа здесь — глагол «пепегонить» или существительное «пепегон». В русских говорах, особенно юго-западных и украинских, «пепегон» — это перегонщик, чаще всего самогонщик. Человек, который гнал (перегонял) самогон. Первая часть «пепе-» могла возникнуть из «пере-» в результате аканья или диалектного произношения: «перегон» → «перигон» → «пепегон». Такое удвоение слога («пе-пе») — не ошибка, а живой процесс в народной речи, когда слово упрощается для удобства произношения.

Суффикс «-чук» — типичный для западноукраинских и белорусских фамилий, он указывает на сына или ученика: Пепегончук — «сын Пепегона». То есть фамилия образована не от имени, а от прозвища отца, которое описывало его занятие. Носитель фамилии — потомок человека, промышлявшего самогоноварением. В XIX веке это было распространённым, но нелегальным ремеслом, поэтому прозвище могло быть и насмешливым, и уважительным — в зависимости от отношения соседей.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам Украины, особенно к Волыни, Подолью или Галичине. В России она почти не встречается, что подтверждает её украинское происхождение. Встречаются варианты написания: Пепигончук, Пепегончук, но основная форма — с двумя «е».

Сравнение с однокоренными фамилиями (Перегон, Перегончук, Гончарук) показывает, что модель «прозвище по занятию + -чук» была продуктивной. Но Пепегончук стоит особняком из-за редкого фонетического сдвига «пере-» → «пепе-». Это не ошибка письма, а живое свидетельство того, как в устной речи слова менялись, а затем застывали в документах. Так что носитель фамилии может считать себя наследником не просто самогонщика, а человека, чьё прозвище запомнили именно в том виде, в каком его произносили соседи.