Фамилия Пэпушэ — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а молдавское или румынское. В этом регионе фамилии часто образуются от прозвищ, и основа «пэпушэ» (в румынском написании păpușă) означает «кукла». Слово заимствовано из латыни (pupa — «девочка, кукла») и в румынском языке стало обозначать и игрушку, и переносно — маленького, нарядного или кукольно-красивого человека.

Модель образования фамилии проста: в румынской ономастике фамилии часто совпадают с нарицательным словом или прозвищем без дополнительных суффиксов. Пэпушэ — это и есть исходное прозвище. Оно могло закрепиться за человеком, который был миниатюрным, имел кукольные черты лица, а может, работал кукольником или мастером по изготовлению кукол. В Молдавии и на западе Украины (в Черновицкой области, где сильны румынские корни) такие прозвища не редкость.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что в русской традиции это слово почти не встречается. Нет вариантов вроде «Пэпушов» или «Пэпушкин» — значит, фамилия не прошла через адаптацию русскими суффиксами, а сохранила исходную молдавскую форму. Это указывает на то, что предки носителя, скорее всего, были молдаванами или румынами, и фамилия оформилась в той среде, где не было нужды русифицировать окончание.

Географически фамилия Пэпушэ встречается в основном в Молдове и среди молдавской диаспоры. В России она крайне редка, и её носители, вероятно, имеют корни из Бессарабии или Буковины. Социальный слой, где возникло такое прозвище, — крестьяне или ремесленники: прозвища по внешности или занятию давали в среде, где фамилии ещё не были закреплены за дворянством. Таким образом, фамилия Пэпушэ — прямой отпечаток молдавского языка и быта, застывший в форме, которая не менялась веками.