Фамилия Пердакова — женская форма фамилии Пердаков. В основе, скорее всего, лежит не бранное слово, а древнерусское нецерковное имя или прозвище Пердак. В старину прозвища, звучащие для современного уха грубо или смешно, давали без обидного оттенка — по внешности, походке, манере поведения или по какому-нибудь случаю. Глагол «пердеть» (издавать газы) в древнерусском языке не имел стойкого табуированного значения, и прозвище Пердак мог получить человек, которого так дразнили в детстве или за которым закрепилась такая характеристика.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?»). Пердаков — сын Пердака, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия образована по простой патронимической схеме, без редких суффиксов, что говорит о её происхождении в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства (для которого характерны фамилии на -ский/-ской).

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южнорусских областях, но не является массовой. В дореволюционных переписях носители фамилии Пердаковы фиксировались, например, в Тамбовской и Воронежской губерниях. Встречается также вариант Пердаковский, но он гораздо реже.

В современном русском языке фамилия звучит двусмысленно из-за совпадения основы с обсценной лексикой, однако для её носителей в прошлом это было обычное прозвище, не несшее негативного оттенка. Других версий происхождения (от тюркских корней, от названия ремесла или топонима) для фамилии Пердакова не существует — это чистый случай антропонимии на базе древнерусского именования.