Фамилия Пердокян — редкий случай на русской почве, и её происхождение почти наверняка не связано с русским языком. Основа фамилии, «Пердок», не имеет в славянских наречиях ни прозвищного, ни имени-основы. Вероятнее всего, мы имеем дело с фамилией армянского или, шире, кавказского происхождения, адаптированной к русской письменности.

Ключ к разгадке — суффикс «-ян» (в армянской традиции часто передаётся как -ян или -янц). В армянском языке этот суффикс указывает на принадлежность к роду, происхождение от предка, примерно как русское «-ов» или «-ин». Таким образом, Пердокян буквально означает «из рода Пердока» или «сын Пердока». Само имя Пердок, скорее всего, вариант армянского имени Пардок или Пардев, восходящего к древнеиранскому «парда» — «леопард» или «барс». В армянской ономастике «звериные» имена не редкость, они символизировали силу и благородство.

Спорный момент — возможное совпадение с русским корнем «перд-», связанным с глаголом «пердеть». Такая версия кажется соблазнительной для шутки, но она ономастически слаба. В русских фамилиях этот корень встречается крайне редко и почти всегда в грубой, усечённой форме (Пердюк, Пердов), а суффикс «-ян» для русских фамилий абсолютно нехарактерен. Если бы фамилия была исконно русской, она звучала бы как Пердов или Пердин. Поэтому лингвистически правдоподобнее армянская версия.

Географически фамилия Пердокян, скорее всего, привязана к регионам исторической Армении или армянской диаспоре, попавшей в Российскую империю в XIX веке. Встретить её можно в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области или в Закавказье. Носители фамилии, вероятно, потомки ремесленников, торговцев или крестьян, которые при переезде в русскоязычную среду получили написание фамилии по слуху — с ударением на последний слог, как это принято в русской передаче армянских фамилий.