Фамилия Пердонченский — редкий случай, когда необычное звучание почти наверняка скрывает не то, что можно подумать. Главная версия образования — от географического названия, а не от глагола «пердеть». Основа фамилии — топоним Пердонка, Пердонцы или Пердонь. Такие названия встречаются в западнорусских и украинских землях, особенно в бывших черниговских и полтавских губерниях. В основе лежит, скорее всего, диалектное слово «пердон» — так в некоторых говорах называли кустарник, заросли, а также глухую, захламленную местность. То есть Пердонка — это деревня, стоящая в глухом, заросшем месте, а Пердонченский — выходец оттуда.

Суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий. В Речи Посполитой и на Правобережной Украине, а также в западных губерниях Российской империи фамилии на -ский/-цкий получали мелкие землевладельцы, однодворцы и казацкая старшина. Пердонченский — человек, владевший землей при деревне Пердонка, либо тот, кто оттуда переселился и записался по месту выхода. Такая модель типична для польско-украинского пограничья: ср. Заболоцкий (от Заболотье), Островский (от Остров), Городецкий (от Городец).

Вторая, менее вероятная версия — от прозвища Пердоня. В русских говорах «пердоня» — человек, который часто портит воздух. Но тогда логичнее была бы фамилия Пердонев или Пердонин. Суффикс -ский к такому прозвищу почти не крепился: он слишком «благородный» для бытовой клички. Поэтому версия с топонимом убедительнее.

В написании фамилии встречаются варианты: Пердонченский, Пердончинский, Пердонский. В дореволюционных метрических книгах могла писаться через «а» — Пардонченский, что иногда путали с французским словом «pardon». Но это случайное совпадение, не имеющее отношения к этимологии.

Фамилия крайне редкая. В современных справочниках и базах данных носителей — единицы, сосредоточенные в основном в центральной России и на Украине. Основная масса записей относится к XX веку, что говорит о позднем оформлении фамилии в документах или о малочисленности рода.