Фамилия Перенков — довольно редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор упирается в неочевидную основу. С первого взгляда напрашивается связь с глаголом «переть» (идти, наступать, давить) или существительным «перо», но ни то, ни другое не объясняет суффикс -енк-. В русских фамилиях на -ов/-ев суффикс -енк- почти всегда указывает на украинское или белорусское происхождение: это уменьшительная форма, характерная для восточнославянских прозвищ. То есть Перенков — это русифицированный вариант фамилии Перенко, которую принесли в великорусские земли выходцы с юго-запада.

Корень «перен-» мог возникнуть из нескольких источников. Самая прямая версия — от слова «перен», которое в южнорусских и украинских говорах означало «перец» (через польское pieprz или диалектное «перец» с перестановкой звуков). Прозвище Перен могли дать либо торговцу пряностями, либо человеку с острым, «перчёным» характером. Менее очевидный вариант — от глагола «перенить» (перенять, перехватить) или существительного «перен» в значении «перенос, перевозка». В этом случае прозвище могло закрепиться за возчиком или подёнщиком, занимавшимся переноской грузов.

С географической точки зрения фамилия Перенков встречается в основном в центральных областях России — Тверской, Московской, Владимирской, что подтверждает миграцию с украинских территорий в XVII–XVIII веках. Встречается она и у донских казаков, где могла закрепиться через прозвище Перен (от «перен» — перец) — казаки любили меткие и ёмкие клички. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямого упоминания Перенкова нет, но модель «украинская основа на -енко + русский суффикс -ов» описана как типичная для фамилий, возникших на стыке двух культур. Таким образом, Перенков — это фамилия-гибрид, в которой южное прозвище обросло северным патронимическим окончанием.