Фамилия Перлухин — редкий случай, когда корень почти наверняка иноязычный, а суффикс — исконно русский, указывающий на принадлежность. Основа «Перлух» восходит к еврейскому имени Перл (от идиш פּערל — «жемчуг»). В дореволюционной России такое имя давали как личное, а от него образовывали фамилии с русскими патронимическими суффиксами. Суффикс «-ин» в данном случае работает по модели «чей?» — «сын Перлуха». Получается: Перлухин — потомок человека по имени Перл (или по прозвищу Перлуха, если имя переделали в уменьшительную форму).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «перла» или «перло» (в рязанских и тульских говорах так называли крупную жемчужину или просто что-то блестящее). Тогда прозвище Перлуха мог получить ювелир, торговец жемчугом или просто человек с необычно светлыми, «жемчужными» глазами. Однако в этом случае фамилия должна была бы встречаться в центральных губерниях, а Перлухины по историческим записям чаще фиксируются в черте оседлости — на западе и юго-западе Российской империи, что склоняет чашу весов к первой, еврейской версии.

Словообразовательная модель здесь проста: основа «Перлух» плюс суффикс «-ин». Фамилии на «-их» (Перлухих) от этого корня не зафиксировано, что тоже показательно — «-ин» типичен для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ с окончанием на согласный. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто указывают на географическое происхождение, Перлухин прямо говорит о родстве: «чей сын?» — Перлухин.

Социальный контекст: в XIX веке фамилии на «-ин» у еврейского населения не были редкостью, особенно в среде мещан и ремесленников. Носители фамилии Перлухин могли быть мелкими торговцами, ремесленниками или арендаторами. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено — суффикс «-ин» в дворянской среде встречается, но обычно у фамилий, образованных от древнерусских имён, а не от идишских.

Из однокоренных фамилий стоит назвать Перлов и Перлмуттер — они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Перлухин стоит особняком: он сохранил уменьшительную форму имени, что делает его более личным, почти внутрисемейным.