Фамилия Перлухина — женская форма фамилии Перлухин, и её происхождение связано с прозвищем, которое, скорее всего, указывает на род занятий или внешность человека. Основа «Перлух» — это нестандартная, диалектная форма. Вероятнее всего, она восходит к слову «перл» (жемчуг). В русских говорах «перлухой» могли называть торговца жемчугом, ювелира или человека, который занимался добычей речного жемчуга — промыслом, распространённым на Севере и в некоторых центральных губерниях. Суффикс «-ух(а)» типичен для прозвищ (ср. «толстуха», «вертуха»), придавая слову оттенок просторечия и принадлежности к определённой среде.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «перлить» (говорить громко, тараторить, или, в других говорах, бить, колотить). Тогда «перлуха» — прозвище крикливого, бойкого человека или, наоборот, задиры. Однако первая гипотеза выглядит убедительнее, так как ремесленные прозвища давали фамилиям более устойчивую основу.

Фамилия Перлухин — редкая, с ярко выраженной региональной окраской. Она почти не встречается в центральных и южных областях, но может быть зафиксирована в районах бывшего Архангельского, Вологодского или Пермского края, где жемчужный промысел был известен. Поскольку фамилия образована с помощью патронимического суффикса «-ин», она принадлежит к типичной русской модели: Перлуха → сын Перлухи → Перлухин. Носительницы фамилии Перлухина могут с высокой долей вероятности считать своими предками ремесленников, связанных с обработкой жемчуга или торговлей им, что выделяет эту фамилию на фоне более массовых «профессиональных» фамилий вроде Кузнецов или Мельников.