Фамилия Перникова — женская форма фамилии Перников, и её происхождение связано с прозвищем или профессиональным именем. В основе лежит слово «перник» — так в старых русских говорах называли пряник, а также человека, который его пёк или торговал им. Пряники на Руси были лакомством не повседневным, а праздничным: их дарили, ими угощали на свадьбах и именинах. Поэтому прозвище Перник мог получить пекарь-сластёна, торговец на ярмарке или просто любитель пряников — с оттенком добродушной насмешки.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Перник» добавили суффикс -ов, означающий принадлежность (чей? — Перников сын, Перникова дочь). Суффикс -ник в исходном слове указывает на деятеля или предмет (сравните: сапожник, грешник, чайник). В данном случае «перник» — это и пряник, и человек, с ним связанный. В словаре Даля зафиксировано слово «перник» именно в значении «пряник», а также глагол «перничать» — заниматься пряничным промыслом.

Географически фамилия встречается редко и тяготеет к северным и центральным областям России — там, где было развито пряничное дело (например, в Архангельской, Вологодской, Тверской губерниях). Встречается и вариант Перников без суффикса -ов, что характерно для украинской или белорусской традиции, но с окончанием -ова форма однозначно русская.

В отличие от популярных «сладких» фамилий вроде Пряников или Медовиков, Перников/Перникова сохраняет диалектный оттенок. В некоторых говорах «перник» означал ещё и «перцовый пряник» — с пряностями, что говорит о более изысканном товаре. Так что предки носительницы фамилии могли быть не просто пекарями, а мастерами праздничного угощения.