Фамилия Пидтоптана — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не скрылось за суффиксами, а почти полностью сохранило свою разговорную форму. В русской ономастике модель «глагол в прошедшем времени + -а» встречается, но обычно в виде мужских фамилий вроде Непейвода или Держидерево. Здесь же перед нами женский вариант, который устоялся как фамилия: Пидтоптана — это буквально «подтоптанная», то есть та, кого затоптали, примяли, или же вещь, потерявшая вид от долгой носки.

Корень здесь — глагол «пидтоптать» (южнорусское или украинское произношение «підтоптати»), что значит «подтоптать», «истоптать», «сделать стоптанным». Прозвище могли дать человеку за неопрятность, изношенную одежду или за манеру ходить, шаркая ногами. Однако не исключён и переносный смысл: «подтоптанный» — сломленный жизнью, усталый, «стёртый» обстоятельствами. Такие прозвища давали без злого умысла, скорее как констатацию внешнего вида или поведения.

Географически фамилия тяготеет к украинско-русскому пограничью, особенно к югу России и востоку Украины, где диалектное «підтоптаний» было в ходу. Суффикс -а в конце наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в форме родительного падежа от мужского прозвища Пидтоптан (сын Пидтоптана → Пидтоптана), но в быту она осознаётся как цельное слово женского рода. Встречаются варианты написания — Подтоптана, Пидтоптанный, — но исходная форма сохраняет именно разговорную огласовку с «и».

В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или казаков: прозвища, образованные от бытовых глаголов, редко встречались у дворянства, где преобладали фамилии на -ский или от имён святых. Фамилия не документирована в дореволюционных родословных книгах, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, в XIX веке, при массовом закреплении фамилий за сельским населением.