Фамилия Пигушин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от прозвища или имени с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Пигушин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пигуша. Основа здесь — некалендарное прозвище Пигуша, а оно, в свою очередь, восходит к глаголу «пигать» или «пигукать», что в северных и сибирских говорах означало «пищать», «издавать тонкий звук». Так могли прозвать либо писклявого ребёнка, либо человека с высоким, тонким голосом, либо того, кто постоянно ныл или жаловался. В некоторых диалектах «пигуша» — это ещё и название птицы, например, маленького кулика или пигалицы (чибиса), так что прозвище могло быть и по сходству с птицей — суетливой, крикливой или внешне похожей.

Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на -а или -я, что типично для уменьшительно-пренебрежительных форм. В русской ономастике такие фамилии чаще встречаются в северных и центральных регионах России, где слово «пигуша» было в ходу. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели описаны как продуктивные для прозвищ, образованных от звукоподражательных глаголов. Фамилия Пигушин не относится к числу дворянских или широко известных — она бытовала в крестьянской и мещанской среде, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и редкой встречаемостью в исторических документах.

Стоит отметить, что есть и менее вероятная версия: связь с тюркским словом «пигу» (нечто маленькое или незначительное), но для неё нет убедительных доказательств, и она не объясняет суффикс -ин с русским окончанием. Скорее всего, фамилия чисто славянского происхождения, и её носители — потомки людей, получивших прозвище за особенность голоса или поведения. В современных базах данных фамилия встречается редко, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических поисков, особенно в Архангельской, Вологодской или Кировской областях, где диалектная лексика сохранялась дольше.