Фамилия Пикишкина — женская форма, мужская, соответственно, Пикишкин. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Пикишки»). Но основа здесь неочевидная, и это делает фамилию интересной для разбора.

Слово «пикишка» в современных словарях русского литературного языка не зафиксировано. Однако в народных говорах, особенно северных и сибирских, «пикой» или «пичугой» называли маленькую птицу, синицу или птаху вообще. Уменьшительная форма «пикишка» могла быть ласковым прозвищем невысокого, щуплого человека или того, кто был подвижным, юрким, как птичка. В русских говорах также встречается слово «пикать» — издавать тонкий звук, пищать. Прозвище Пикишка могли дать человеку с тонким голосом или ребёнку, который много плакал.

Версия с иноязычным корнем менее вероятна, но не исключена полностью. В фамилиях на -ин нередко встречаются заимствованные основы, например, от тюркского слова «пик» (крепкий, высокий) с русским суффиксальным оформлением. Однако для фамилии Пикишкина такая этимология выглядит натянутой: тюркские основы обычно дают фамилии вроде Пиков или Пикин, а суффикс -ишк- характерен именно для русской уменьшительной формы.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от диалектного прозвища. Встречается также написание через «ы» — Пыкишкин, что может указывать на акающее произношение (прозвище Пыкишка от «пыкать» — дышать, пыхтеть). Но основная версия — от птичьего прозвища — остаётся самой правдоподобной и простой. Предок носителей фамилии был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище по внешности или характеру, которое затем закрепилось как фамильное.