Фамилия Пикоткин — редкая и выразительная, её разговорная форма выдает прозвищное происхождение. В основе лежит слово «пикотка». В говорах так называли небольшую птичку, что-то вроде пичужки или пташки (от глагола «пикать» — издавать тонкий звук). Прозвище Пикотка могли дать человеку маленького роста, щуплому, юркому или обладателю тонкого, высокого голоса.

Словообразовательная модель здесь необычна. Суффикс -кин указывает на принадлежность: «чей?» — Пикоткин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пикотка. Обычно такие фамилии образуются от основ на -а (Пикотка → Пикоткин), что типично для северных и центральных областей России. В южных регионах на месте -кин чаще встречался бы вариант Пикотченко или Пикотков.

Схожие фамилии — Пикулин (от пикуль, пикула — маленькая птичка), Пичужкин, Пташкин. Все они относятся к «птичьему» пласту русских прозвищ, который был очень популярен в крестьянской среде. Такие прозвища не указывали на профессию, а метко описывали внешность или поведение человека.

Споров вокруг корня фамилии практически нет: версия с птичкой — основная и лингвистически прозрачная. Альтернативное объяснение через «пикот» (острый конец, колышек) менее вероятно, так как в этом случае фамилия скорее имела бы форму Пикотов или Пикотин. Географически фамилия встречается в основном в бывших владимирских и костромских губерниях, что подтверждает её северное происхождение.

Таким образом, Пикоткин — это фамилия-характеристика. Предок носителя был, скорее всего, невысоким и подвижным человеком, за что и получил прозвище в честь маленькой пичужки.