Фамилия Пиксакина — женская форма, мужской вариант — Пиксакин. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Разбираем корень: «Пиксак» или «Пиксака». Слово это не из частотных, поэтому сразу ищем его возможные корни в диалектах и прозвищах.

Самая вероятная версия — связь с диалектным глаголом «пиксать», который в некоторых говорах означает «визжать, пищать, издавать тонкий звук» (ср. «писк»). «Пиксака» — человек с таким голосом, либо тот, кто постоянно ноет или капризничает. Прозвища по особенности голоса давали часто: Пискун, Пискля, Пикса. Суффикс -ак (-як) в прозвищах типичен для характеристики человека по действию (гуляка, кривляка, зевака). Таким образом, Пиксака — «тот, кто пиксает», то есть пищит или визжит.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В них «пик» (или «бек») — «господин, князь», а «сак» — «осторожный, бдительный». Однако для фамилии Пиксакин такое слияние маловероятно, так как тюркские имена обычно давали полные формы (Бексаков, Пиксаев), а не усеченные до «Пиксака». К тому же суффикс -ин указывает на славянскую, скорее русскую, основу.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, где диалектная лексика сохранилась лучше. Вероятно, предок носителя получил прозвище за голос или манеру говорить. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению, что подтверждается отсутствием в родословных книгах.

В написании XIX века могли встречаться варианты Пиксакова (по аналогии с другими фамилиями), но форма на -ин закрепилась как основная. Искать однокоренные фамилии стоит среди Пискуновых, Пискаревых (от «пискарь» — рыба, но здесь другая этимология) и диалектных Пиксаевых.