Фамилия Пинахина — женская форма фамилии Пинахин, которая образована от мужского прозвища Пинаха. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит глагол «пинать» в значении «бить ногами, толкать». Прозвище Пинаха могли дать человеку драчливому, задиристому, тому, кто любил пинаться в драке или просто был неуживчивым. Слово «пинаха» в некоторых русских говорах имело значение «задира», «драчун», что подтверждает эту версию.

Модель образования фамилии проста и типична для русского севера и центра: основа Пинах- плюс суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Пинахи). Такие фамилии на -ин чаще всего встречались в Новгородской, Архангельской, Вологодской губерниях, где прозвища на -а/-я были особенно распространены. Пинахин — фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как в основе лежит бытовое прозвище, а не церковное имя.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «пина» (грязь, болото), но она слабо подтверждается географией: фамилия Пинахины не зафиксирована в массовом количестве в татаро-башкирской среде. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, что говорит о славянском происхождении.

Встречаются также варианты написания с одной «н» — Пинахин, что не меняет ни значения, ни происхождения. Фамилия редкая, не входит в списки распространённых, но для её носителей она — прямой маркер характера предка: неспокойного, резкого, возможно, сварливого человека, которого запомнили по его манере «пинаться».