Фамилия Пинголцян — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные славянские модели на -ов, -ин или -ский. Её происхождение — армянское, и указывает она на конкретное место или род занятий предков.

Основа фамилии — Пинголц. Это топонимическое прозвище: в Армении есть село Пингол (ныне — в Грузии, в исторической области Джавахетия). Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — типичный армянский патронимический показатель, означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий к». Таким образом, Пинголцян — это «тот, кто из Пингола» или «потомок выходца из Пингола».

Вероятнее всего, фамилия образовалась в XIX веке, когда армяне массово получали фамилии по месту жительства или происхождения. Предки носителя фамилии могли переселиться из села Пингол в более крупный город или регион России, где фамилия закрепилась в русском документообороте. Другой, менее вероятный вариант: основа «пингол» может быть связана с диалектным армянским словом, обозначающим ремесло (например, пингол — «плотник» или «строитель»), но топонимическая версия надёжнее, так как село с таким названием реально существует.

В русском языке фамилия сохранила армянское окончание -ян, что делает её легко узнаваемой. Встречается она крайне редко, в основном среди потомков армянских переселенцев на юге России и в Закавказье. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от небольших селений: они остаются локальными и не попадают в общенациональные справочники.