Фамилия Пиняйкина — женская форма фамилии Пиняйкин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Пиняйкин — это «сын Пиняйки» или «потомок Пиняйки». Основа фамилии — «Пиняйка» — звучит как прозвище, и её корень, скорее всего, связан с диалектным глаголом «пинять» или «пенять». В русских говорах «пенять» означает «упрекать, жаловаться, сетовать», а форма «пинять» могла возникнуть из-за аканья или местного произношения. Таким образом, Пиняйкой в народе могли прозвать человека ворчливого, постоянно выражающего недовольство или любящего читать нотации.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к имени Пиня — уменьшительной форме от Пётр или Пантелеймон. В таком случае «Пиняйка» — это двойной уменьшительный суффикс (-яй- и -к-), характерный для неофициальных имён в крестьянской среде. Однако прозвищная версия выглядит правдоподобнее: суффикс -яй- в русских фамилиях часто встречается именно в прозвищах, обозначающих характер или поведение (сравните: Лентяйкин, Молчайкин).

Географически фамилия Пиняйкина редкая и встречается в основном в Поволжье, особенно в Мордовии и Нижегородской области. Это не случайно: в местных говорах слово «пенять» активно употреблялось, а фамилии на -ин в этом регионе типичны для русских и мордовских семей, перешедших на русскую модель именования. Исторических упоминаний о дворянах Пиняйкиных нет — фамилия явно крестьянская или мещанская, что подтверждается её «говорящим» прозвищным корнем.

В написании стоит обратить внимание на чередование «и» и «е»: в официальных документах фамилия закрепилась через «и», хотя в устной речи могли произносить и «Пеняйкина». Эта орфографическая особенность — следствие местного акающего произношения, которое повлияло на запись фамилии при переписях. Других однокоренных фамилий, вроде Пиняев или Пиняков, почти нет, что делает Пиняйкина уникальным вариантом с ясной, хоть и небогатой, историей.