Фамилия Пищухина образована от прозвища Пищуха, и в её основе лежит глагол «пищать», то есть издавать тонкий голосок, резкие звуки, близкие к визгу или свисту. Однако прозвище имело и другие смыслы, которые могли закрепиться за разными людьми.

Пищухой на Руси называли и небольшого зверька, похожего на зайца, с характерным свистом, и мелкую певчую птицу отряда воробьиных — серовато-бурой окраски, с длинным тонким клювом. Поэтому прозвище Пищуха мог получить человек, который внешне напоминал это животное или птицу — например, невысокий ростом, юркий или обладающий необычным голосом.

Более приземлённая версия связывает прозвище с охотничьим промыслом. Слово «пищик» означало дудочку для подманивания птиц во время охоты. В этом случае Пищухой называли либо искусного охотника, умело владевшего манком, либо мастера, который такие дудочки изготавливал. Эта версия выглядит правдоподобной, поскольку прозвища по ремеслу и занятию были широко распространены.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Пищухина — это «дочь или жена Пищухи». Сама форма с окончанием -а говорит о том, что фамилия изначально бытовала в женском роде, что типично для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а. Со временем за потомками закрепилось именно это написание, хотя у мужчин в той же семье могла использоваться форма Пищухин.