Фамилия Пищухин происходит от прозвища Пищуха, и в этой основе скрыто сразу несколько возможных значений. Самое прямое — от глагола «пищать», то есть издавать тонкий голосок, резкие звуки, похожие на визг или свист. Так могли прозвать человека с высоким, писклявым голосом. Но на этом версии не заканчиваются.

Пищуха — это и небольшой зверёк, похожий на зайца, и мелкая певчая птица отряда воробьиных с серовато-бурой окраской и длинным тонким клювом. Если прозвище дали по сходству с животным, то основатель рода Пищухиных мог чем-то внешне напоминать пищуху — например, быть невысоким, юрким или иметь схожие черты лица.

Третья версия связана со словом «пищик» — дудочкой для подманивания птиц во время охоты. В этом случае прозвище Пищуха закреплялось за охотником, который ловко пользовался манком, или за мастером, который такие пищики изготавливал. Эта версия правдоподобна ещё и потому, что в охотничьей среде прозвища по инструменту промысла встречались часто.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Поэтому потомок человека по прозвищу Пищуха со временем становился Пищухиным. Такая модель характерна для северных и центральных русских говоров, где прозвищные фамилии на -ин широко распространены.

Интересно, что однокоренные фамилии — Пищук, Пищалин, Пищаев — могли возникать независимо в разных регионах, но все они тянутся к одному смысловому гнезду: писк, пищик, пищать. Так что, несмотря на внешнюю простоту, фамилия Пищухин хранит память либо о голосе предка, либо о его внешности, либо о его охотничьем ремесле.