Фамилия Пищугин — классический пример русской фамилии с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность к роду по отцу: «чей?» — Пищугин, то есть сын Пищуги. Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Пищуга. В русских говорах слово «пищуга» имело два основных значения, и оба могли стать источником фамилии.

Первое значение — «пискун», «плакса», «крикун». В диалектах «пищать» означало не только издавать тонкий звук, но и ныть, капризничать. Так могли прозвать беспокойного ребёнка или взрослого с визгливым голосом. Второе значение — «пищуха»: так называли небольшую птицу из семейства поползневых (за её писк) или, в некоторых областях, мелкую рыбу. Прозвище могло закрепиться за худощавым, юрким человеком, который всё время в движении.

Словообразовательная модель проста: корень пищ- (от глагола «пищать»), суффикс -уг- (уменьшительно-пренебрежительный, как в словах «визгуг», «крикун»), затем -ин. Встречаются однокоренные фамилии: Пищулин, Пищалин, Пищальников, но Пищугин выделяется именно этим редким суффиксом -уг-, который придаёт прозвищу оттенок несерьёзности или пренебрежения.

Географически фамилия не привязана к одной области: она встречается и в северных, и в центральных регионах России, что говорит о широком бытовании прозвища. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с такой фамилией в Вологодской, Вятской и Пермской губерниях. Сословно это, скорее всего, крестьянский род, реже — мещанский.

Спорных версий немного: некоторые любители этимологии пытаются связать Пищугина с «пищей» или «пищёй», но это лингвистически несостоятельно — корень «пищ-» в значении «еда» (от «питать») дал бы форму Пищев или Пищаев. А глагол «пищать» и его производные — самостоятельная группа с другим корнем. Так что правдоподобнее всего версия о прозвище по поведению или внешности, а не по роду занятий.