Фамилия Пищуина — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение надёжнее, чем произношение. На слух её легко принять за форму женского рода от мужской фамилии Пищуин, но на деле это самостоятельная фамилия с другим суффиксом. Ключ в окончании: -ина, а не -ина. В русской модели фамилий на -ин обычно указывают на принадлежность к отцу или главе семьи (чей? — Иванов сын, отсюда Иванов). Здесь же суффикс -уин встречается гораздо реже и чаще всего восходит к прозвищам, оканчивавшимся на -уй или -уя.

Основа фамилии — «пищ-», от глагола «пищать» или существительного «писк». Прозвищем Пищуй или Пищуя на Руси могли назвать человека с тонким, высоким голосом, ребёнка-плаксу, а также того, кто постоянно жаловался или ныл. Такие прозвища по голосу и манере речи — древний пласт русской антропонимии, они давались без злого умысла, скорее как бытовая примета. В некоторых говорах «пищуй» означало также «птенец» или «слабый, тщедушный человек», что добавляет возможный второй смысл: прозвище могли дать маленькому или хрупкому человеку.

Фамилия Пищуина образована по модели притяжательных прилагательных, но не от мужского имени, а от женского прозвища или отчества. Если в семье женщину звали Пищуя (или в быту закрепилось такое прозвище за матерью), то её дети получали фамилию Пищуины, а дочь — Пищуина. Встречается и версия, что это усечённая форма от фамилии Пищухина, где выпал звук «х»: Пищуха — прозвище от той же основы, но с другим суффиксом. Такое стяжение характерно для северных и сибирских говоров, где фамилии на -ухин нередко упрощались.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. По данным переписей XIX века, носители фамилии Пищуин (и её женская форма) фиксировались в Вологодской и Вятской губерниях, а также в Пермском крае. Это регионы, где сохранилась архаичная система прозвищ и где суффикс -уй был активен в бытовой речи. В центральных областях фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальное происхождение.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна: она не укладывается в стандартную схему «имя + -ов/-ин», а демонстрирует редкий случай, когда женская форма прозвища стала родовым именем. Это не ошибка письма и не вариант мужской фамилии — именно женская модель закрепилась в документах, что может говорить о раннем вдовстве матери или о том, что род пошёл от женщины, чьё прозвище перешло детям. В любом случае, фамилия Пищуина — живое свидетельство того, как русская ономастика обходилась без строгих правил, сохраняя оттенки местной речи и быта.