Фамилия Пискушкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа плюс суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я, и указывал он на родство: «чей?» — «Пискушкин» значит «сын Пискушки» или «человек из рода Пискушки». В центре фамилии — прозвище Пискушка.

Прозвище Пискушка напрямую связано с глаголом «пищать». В русских говорах «пискун», «пискунья», «пискушка» — человек с тонким, высоким голосом, тот, кто постоянно ноет, жалуется или плачет. В словаре Владимира Даля «пискун» — это и плакса, и тот, кто пищит от боли или страха. Однако прозвище могло относиться и к ребёнку, который много плачет, или к взрослому, чей голос по какой-то причине был неестественно тонким. Важно понимать: в крестьянской среде прозвища редко давали за одно качество — часто они закреплялись за человеком как постоянное бытовое имя, не обязательно обидное.

Суффикс -ушк- (Писк-ушк-а) — уменьшительно-ласкательный, и это ключевая деталь. В русских фамилиях на -ушкин (Пискушкин, Крикушкин, Воробушкин) основа обычно стоит в форме ласкательного прозвища. То есть Пискушка — это не «тот, кто пищит», а скорее «маленький пискун», «пискунчик». Такая форма могла закрепиться за младшим сыном в семье или за человеком, чей недостаток воспринимали не как злую черту, а как особенность, почти домашнюю.

Географически фамилия редкая и тяготеет к центральным и северным регионам России, где модель на -ин и прозвища с уменьшительными суффиксами особенно активны. Встречается она и в Поволжье, но единично. В дореволюционных переписях и метрических книгах Пискушкины фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан — дворянских родов с такой фамилией не обнаружено.

Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище Пискушка могло произойти от названия птицы — пискливого кулика или птенца какой-нибудь болотной птицы. Но в народной ономастике такое объяснение встречается редко: прозвища от птичьих голосов обычно давали по крику взрослой птицы (Чибис, Соловей), а не по писку птенца. Поэтому связь с человеческой речью и поведением остаётся основной.

Однокоренные фамилии — Пискунов, Пискарёв (от «пискарь» — мелкая рыба, но это другая этимология), а также редкие Пискушенко и Пискушкевич, распространённые на Украине и в Белоруссии. По сравнению с ними Пискушкин — чисто русская, «северная» фамилия, где суффикс -ин вытеснил все прочие варианты.