Фамилия Пистафером — редкий случай, когда нестандартное окончание «-ом» не является суффиксом, а представляет собой застывшую падежную форму. Скорее всего, перед нами не именительный падеж, а творительный: «Пистафером» могло означать «кем?» или «с кем?». Такое явление встречается в русской ономастике, когда фамилию фиксировали в документах не в начальной форме, а так, как её произносили в быту (например, фамилии типа «Молоком» или «Косым»). Восстановить исходную форму можно как «Пистафер», что и будет основой.

Корень «Пистафер» — явно заимствованный, не славянский. Скорее всего, это немецкая или еврейская фамилия Pistorius, которая в русской передаче могла превратиться в «Пистафер» через упрощение и адаптацию. Pistorius — от латинского pistor («пекарь» или «мельник»), профессиональное прозвище. В немецких землях эта фамилия была распространена среди городских ремесленников. В Российской империи её могли получить переселенцы из Германии или еврейские семьи, чьи предки носили это имя.

Модель образования проста: основа «Пистафер» + окончание «-ом» (застывший творительный падеж). В русской традиции окончание «-ом» в фамилиях встречается редко и почти всегда указывает на то, что фамилия была записана со слуха или в составе оборота (например, «прозванный Пистафером»). Если бы фамилия формировалась стандартно, она выглядела бы как «Пистаферов» (от отчества) или «Пистаферский» (от места). Наличие «-ом» — признак того, что фамилия могла быть прозвищной и закрепилась в форме, которую носитель слышал в речи.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи: Украина, Бессарабия, Новороссия, а также Прибалтика. Именно там было много немецких колонистов и еврейских местечек, где такие фамилии адаптировались к русскому языку. Сословно предки, скорее всего, были мещанами или ремесленниками, возможно, пекарями или владельцами мельниц — это прямое указание профессии, заложенной в основе.

Спорных версий по фамилии немного. Можно предположить искажение греческого «пистафер» (от pistis — вера), но это маловероятно: профессиональная версия (пекарь) подтверждается реальной исторической фамилией Писториус, а греческий корень не дал бы такого окончания. Итог: фамилия Пистафером — редкий пример застывшей падежной формы, указывающей на профессию предка-пекаря или мельника, с немецкими корнями и адаптацией в русской среде.