Фамилия Пхтункина — один из тех случаев, когда написание подсказывает больше, чем звучание. С первого взгляда корень кажется иноязычным, но скорее всего перед нами русская фамилия, записанная «на слух» в эпоху, когда грамотность была не всеобщей, а орфография — неустоявшейся.

Основа фамилии — слово «пхтунка». В ней слышен глагол «пхнуть» (просторечный вариант «пнуть», то есть ударить ногой). Форма «пхтунка» могла быть прозвищем человека, который пинается, брыкается или работает ногами — например, футболиста, конюха, либо просто драчуна. Модель образования проста: от глагольной основы через суффикс -ун- (сравните: «прыгун», «бегун», «толкун») получилось «пхтун», а затем уменьшительно-пренебрежительный суффикс -к- дал «пхтунка». Женская форма на -ина — типичный «матроним» или фамилия по жене: Пхтункина — дочь или вдова Пхтунки.

Суффикс -ин (а не -ов) указывает на севернорусское или сибирское происхождение. В этих регионах фамилии на -ин встречаются чаще, чем в центральной России. Кроме того, написание с «пх» вместо «п» — яркая примета диалектного или малограмотного произношения: взрывной звук [п] перед глухим [х] мог произноситься с придыханием, что и отразилось на письме. В официальных документах XIX века такие варианты не редкость.

Версия о тюркском корне маловероятна. В тюркских языках нет слов, которые дали бы похожую основу с таким набором согласных. Фамилия Пхтункина — чисто русская по модели, но необычная по графике.

Если искать аналоги, то ближайшие — фамилии Пхтунов, Пхтункин, а также более привычные Пнукин, Пнутов. Все они восходят к тому же корню «пнуть». Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальный характер: скорее всего, она возникла в одной деревне или небольшой волости и не распространилась широко.

Таким образом, предок носителя фамилии Пхтункина получил прозвище за манеру пинаться или за работу, связанную с ударами ногами. Это не дворянская фамилия, а крестьянское или мещанское прозвание, записанное так, как его слышали писарь или священник.