Фамилия Плинатус — редкая, и её происхождение приходится реконструировать по косвенным данным. Судя по суффиксу -ус, перед нами не исконно русская, а латинизированная форма, типичная для фамилий, которые получали выпускники духовных семинарий в XVIII–XIX веках. Семинаристам нередко меняли бытовые или простонародные фамилии на благозвучные латинские или греческие аналоги, и Плинатус — один из таких случаев.

В основе фамилии, вероятно, лежит латинское слово plīnātus, которое можно перевести как «сплющенный» или «расплющенный». Это причастие от глагола plīnāre — «сплющивать», «выравнивать». В бытовом контексте такое прозвище могли дать человеку с приплюснутой переносицей или широким, плоским лицом. Однако в семинарской среде латинское слово часто выбирали не по прямому значению, а по созвучию с русской фамилией или прозвищем, которое хотели облагородить. Не исключено, что предок носителя фамилии Плинатус имел прозвище Плоский или Плющиха, которое при поступлении в училище превратили в более книжное Плинатус.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с латинским plēnus — «полный», «обильный», но в этом случае ожидалась бы форма Пленус или Пленитус. Разница в корне (plīn- vs plēn-) указывает именно на значение «сплющенный», а не «полный». Географически фамилия встречается единично, преимущественно на юге России и в центральных областях, что совпадает с районами, где были сильны духовные учебные заведения в XIX веке.

Фамилия Плинатус — яркий пример искусственной, книжной фамилии, созданной по церковно-латинской модели. Её носители, скорее всего, происходят из среды духовенства: либо сам семинарист получил её при выпуске, либо его отец, служитель церкви, взял её для благозвучия. В быту такая фамилия могла сокращаться или русифицироваться, но в документах сохранилась именно в латинизированном виде.