Фамилия Плоксунова — женская форма фамилии Плоксунов. Её основа — прозвище или мирское имя Плоксун. Слово это не встречается в современных словарях, но его можно разобрать по словообразовательным моделям русских фамилий.

Корень «плок-» может быть вариантом корня «плох-» (чередование х/к, как в «плохой» — «плоше»). В диалектах слово «плокой» или «плокий» фиксировалось в значении «плохой, негодный, хилый». Тогда Плоксун — человек с каким-то недостатком: слабый здоровьем, невезучий, либо тот, кого так дразнили в детстве, давая охранительное имя от сглаза (назло недобрым силам назвать Плохим, чтобы вырос хорошим).

Суффикс -ун- в русских прозвищах часто указывал на деятеля по характерному действию или свойству: говорун, ворчун, хвастун. Плоксун — «тот, кто плох» или «тот, кого считают плохим». Модель образования фамилии стандартная: прозвище на -ун → фамилия на -ов (чей? — Плоксунов сын).

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на севере и северо-востоке Европейской России (Архангельская, Вологодская, Кировская области), где сохранились архаичные говоры. В этих местах фамилии от «плохих» прозвищ — обычное дело: Плохов, Плошкин, Плохой.

Вторая, менее вероятная версия — связь с глаголом «плоксать» (диалектное «плакать, хныкать»). Тогда Плоксун — плакса, капризный ребёнок. Но эта версия слабее: глагол редок, а корень «плох-» для прозвищ намного типичнее.

Сословно Плоксуновы — почти наверняка крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией нет. В документах XVII–XVIII веков могли писаться как Плоксуновы, Плахсуновы, Плохсуновы — варианты из-за неустойчивого произношения в говорах.

Итог: фамилия Плоксунова происходит от прозвища Плоксун, которое, скорее всего, означало «плохой, хилый» или было охранительным именем. Носители — выходцы из северных русских областей, из крестьянской среды.