Фамилия Плюгачев — редкий случай, когда прозвище, от которого она образована, сохранилось в языке почти без изменений. Основа здесь — прилагательное «плюгавый», то есть невзрачный, низкорослый, щуплый, а в некоторых говорах ещё и неопрятный, жалкий на вид. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Плюгачев буквально означает «сын Плюгавого» или «из семьи Плюгавого». Так в старину называли человека, выделявшегося невысоким ростом или худощавым телосложением, причём прозвище это не обязательно было обидным — на Руси его могли дать и просто как внешнюю примету, без злого умысла.

По словообразовательной модели фамилия типична для центральной России. Суффикс -ев, а не -ов, появляется, когда основа оканчивается на мягкий согласный или шипящий: Плюгав- → Плюгачев. Такая же схема у фамилий Худяков, Головачев, Кривошеев. Интересно, что однокоренные фамилии — Плюгавин, Плюгавых — встречаются чаще, чем Плюгачев, что делает её более локальной. Скорее всего, предки носителя этой фамилии жили в одном из южнорусских или поволжских регионов, где слово «плюгавый» было в ходу, а не вытеснено литературным «тщедушный» или диалектными аналогами.

В ономастических справочниках эта фамилия не входит в число частых, и её носители в дореволюционных источниках — в основном крестьяне и мещане. Прозвище не давало социальных привилегий, поэтому в дворянских родословных Плюгачевы не встречаются. Зато в метрических книгах XIX века по Тамбовской и Рязанской губерниям эта фамилия попадается регулярно, что подтверждает её народное, «земляное» происхождение. Если ваш предок носил её, он, вероятно, был простым земледельцем или ремесленником, которого в деревне знали по внешности — и это имя закрепилось за его потомками на века.