Фамилия Подбегалин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти неизменным свой глагольный корень. Она образована по продуктивной модели отчества с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Подбегалин, то есть сын или потомок Подбегалы.

Основа — глагол «подбегать» или наречие «подбегом». Прозвище Подбегала в старину могли дать человеку подвижному, суетливому, тому, кто везде поспевал первым, бегал по поручениям или отличался быстрой, семенящей походкой. В отличие от фамилий с корнем «бег-» (Бегунов, Беглов), приставка «под-» придаёт оттенок не просто движения, а услужливости, готовности подскочить и помочь — в положительном смысле расторопного слуги или работника.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин указывает на то, что первоначальная форма прозвища была Подбегала (с окончанием, как у слов «сирота», «работяга»). Такие прозвища на -а, -я типичны для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно распространены. В южных и западных регионах аналогичное прозвище чаще оформилось бы суффиксом -ов (Подбегалов).

Встречаются и альтернативные толкования. Иногда Подбегалиным могли назвать человека, жившего на краю села, «под бегом» — то есть у склона или у спуска, где бегают. Однако эта версия менее вероятна: топонимические прозвища обычно не закрепляются в такой глагольной форме. Более убедительно связывать фамилию с личным качеством — расторопностью, которая в крестьянском быту ценилась высоко.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. Её носители встречаются в Поволжье и на Урале — в тех регионах, куда активно переселялись крестьяне из центральной России в XVII–XIX веках. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской: в дворянской среде такие «говорящие» прозвища приживались реже.