Фамилия Подилько звучит как типичная украинская, и это первое, что бросается в глаза. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -к-о (в украинской ономастике он часто выполняет уменьшительную или патронимическую функцию) присоединён к основе Подиль-. Такое окончание характерно для прозвищ и фамилий Западной Украины, особенно Галичины и Волыни, где фамилии на -ко встречаются сплошь и рядом.

Корень «подиль» почти наверняка связан с украинским словом поділ — «низ», «долина», «подол». В старой украинской топографии «поділ» означал нижнюю часть города или села, часто у реки, где селились ремесленники и беднота. Человек, живший «на подолі», мог получить прозвище Подиль. Суффикс -к-о в таком случае не столько уменьшал, сколько закреплял принадлежность: «Подилько» — это «тот, кто с Подола» или «сын Подиля».

Есть и менее очевидная версия — от подиляти (делить, разделять). В этом случае прозвище Подиль мог получить человек, занимавшийся разделом земли, наследства или, скажем, раздачей общинного хлеба. Но географическая привязка к месту жительства выглядит убедительнее, потому что в украинских фамилиях топонимическая модель (название местности + суффикс) — одна из самых распространённых.

В русском контексте фамилия почти не встречается, зато в украинских метриках XVIII–XIX веков носители Подилько фиксируются на Подолье и в Галиции. Социально это были, скорее всего, крестьяне или мещане — фамилии на -ко в той среде давали без сословной помпы, просто как уличное прозвище, которое потом закрепилось в документах. Никаких дворянских гербов или громких титулов за этой фамилией не числится, что для украинской глубинки абсолютно нормально.