Фамилия Подкантер — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа не имеет прямых аналогов в славянских языках, а суффикс -ер указывает на возможное заимствование или профессиональное прозвище.

Скорее всего, фамилия образована от немецкого слова Kanter или Kantor — кантор, церковный певчий или регент хора. Приставка под- в русских фамилиях часто означала «помощник», «младший по должности» или «находящийся рядом». Таким образом, Подкантер могло быть прозвищем помощника кантора — человека, который помогал в церковном хоре, заменял регента или исполнял второстепенные обязанности при храме. Модель «под + профессия» встречается в русских фамилиях (Поддьяков, Подмастерьев, Подполковников), но с немецким корнем — редкость.

Другая версия связывает фамилию с немецким Kante — «край», «кромка», «грань». Тогда прозвище Подкантер мог получить плотник, столяр или каменщик, работавший с кромками, углами, облицовкой. Однако эта версия менее вероятна, так как суффикс -ер в немецком чаще образует названия людей по действию (Kanter — «тот, кто делает кромки»), а в русском быту такое прозвище было бы слишком узкоспециальным.

Фамилия не встречается в массовых списках дворянских родов и не имеет широкого географического распространения. Возможно, её носители — потомки выходцев из немецких колоний в Поволжье или Прибалтике, которые обрусели и получили фамилию по месту службы или ремеслу. В документах XVIII–XIX веков форма могла писаться как Подкантеръ, Под-Кантер или Подкандер.

У фамилии нет очевидных однокоренных аналогов в русском ономастиконе, что подтверждает её иноязычную основу и узкую профессиональную привязку.