Фамилия Подофеденко — яркий пример украинской модели образования, где суффикс -енко, изначально означавший «маленький» или «сын», превратился в родовой знак. В основе лежит имя Федя, уменьшительная форма от Фёдор (греческое «дар Божий»). Приставка Подо- здесь ключевая: она указывает не на происхождение от человека по имени Подофед, а на географическую или социальную привязку. Скорее всего, предок носителя этой фамилии жил «под Федей» — то есть в селе, хуторе или на улице, названной в честь человека с таким именем. Такая модель (Подо- + имя) характерна для западноукраинских и польских земель, где приставка pod- означала «расположенный рядом» или «ниже по течению».

В ономастике редко встречаются фамилии с двойным суффиксом, но здесь приставка выполняет ту же роль, что и в названиях Подольск или Подгорный. Если бы фамилия звучала как Феденко, она бы прямо указывала на сына Феди. Подофеденко же говорит о том, что родоначальник, вероятно, был переселенцем или жил на окраине, обозначенной чужим именем. Второй менее вероятный вариант — прозвище человека, который жил «под опекой» или «под началом» у Фёдора, но это уже домыслы без письменных подтверждений.

С точки зрения социальной истории, такие фамилии чаще всего носили крестьяне или казаки, чьи поселения возникали стихийно и получали названия по имени первого поселенца. Подофеденко — не частая фамилия, её нет в крупных списках российского дворянства. Географически она тяготеет к центральной и западной Украине, особенно к бывшим землям Речи Посполитой, где приставка pod- была обычным топонимическим элементом. В документах XIX века её могли записывать как Подофеденко, так и Подофиденко, что отражало местные говоры.

Сравните с однокоренными: Подофеев, Подофедов — там приставка уже слилась с основой, а суффикс -ов выдаёт великорусское влияние. Подофеденко сохранил украинский колорит и редкую конструкцию, которая сразу выдаёт не просто «сына Феди», а человека из места, названного в честь Феди.