Фамилия Подщипкова — женская форма мужской фамилии Подщипков. В основе лежит прозвище Подщипок. Слово «подщипок» в русских говорах означало нечто мелкое, неполноценное — например, невысокого ростом человека, либо того, кого постоянно «щипали», то есть обижали, обирали. В словаре Владимира Даля «подщипок» фиксируется в значении «небольшой, малорослый» и даже «последний ребенок в семье». Таким образом, прозвище мог получить младший сын или человек невысокого роста.

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имен. Подщипков — буквально «сын Подщипка». Географически фамилия встречается в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где диалектное слово «подщипок» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, поскольку прозвища такого типа редко давались дворянам.

Существует и менее вероятная версия: связь с глаголом «подщипывать» — например, птицу (ощипывать) или ткань (делать бахрому). Тогда прозвище могло относиться к ремесленнику — птицеводу или портному. Однако прямое значение «мелкий, недорослый» встречается в источниках чаще, поэтому версия с ростом или младшим сыном считается основной. Встречаются однокоренные фамилии — Щипков, Ощипков, но Подщипков отличается редкой приставкой «под-», указывающей на уменьшительность или подчиненное положение.