Фамилия Подтенигин образована от прозвища Подтенига. Его смысл раскрывается через глагол «подтенетить», который в старых говорах означал «поймать в сеть» или «коварно обмануть». Отсюда и двойное прочтение: прозвище могло закрепиться либо за рыбаком или птицеловом, чей промысел строился на сетях, либо за человеком хитрым, себе на уме, которого остерегались. Вторая трактовка, с оттенком неодобрения, встречается в русской прозвищной традиции не реже, чем первая.

Морфология фамилии проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Подтенигин — это «сын Подтениги» или «человек из рода Подтениги». Такая модель типична для фамилий, возникших в северорусских и сибирских говорах, где прозвища на -а были обычны. Сама основа «подтенига» не попала в литературный язык, но хорошо вписывается в ряд диалектных слов с приставкой под-, обозначающих действие, совершённое исподтишка или с помощью ловушки.

Реже фамилию связывают с существительным «подтенка» — так могли назвать того, кто держится в тени, незаметного человека. Есть и версия, выводящая основу из слова «тенига» — «чахлый, сухой, худой». Эти объяснения выглядят менее убедительными: они не дают такой же ясной мотивации, как глагол «подтенетить», и не подкреплены устойчивыми параллелями в других фамилиях. Скорее всего, перед нами именно прозвище по занятию или по характеру, а не по внешности.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Вероятно, она закрепилась в какой-то одной местности и распространилась оттуда. Носители фамилии сегодня живут в разных регионах России, но следов массового расселения предков по стране не видно — это типичная «гнездовая» фамилия, сохранившая память о конкретном прозвище, данном одному человеку несколько столетий назад.