Фамилия Подтопельный образована от прозвища, которое указывало на место жительства или род занятий предка. В старину подтопелью называли низкое место, которое заливало водой во время разлива реки. Человек, живший у такой подтопели, получал прозвище Подтопельный — так за ним и закреплялось имя, переходившее затем к детям и внукам.

Есть и вторая версия, связанная с написанием и произношением. Фамилия Подтопельный могла возникнуть как фонетический вариант фамилии Подтопольный. В этом случае основа прозвища — не подтопель, а тополь: предок жил под тополем, и соседи прозвали его по этому ориентиру. Переход «о» в «е» в безударной позиции — обычное дело для живой речи, поэтому обе формы могли сосуществовать и даже записываться в документах по-разному.

Третья версия отсылает к нарицательному слову «подтопель» — так называли материал для растопки печи: лучину, щепу, бересту, сосновые шишки. В этом случае прозвище Подтопельный получал человек, который занимался сбором растопочного материала, — возможно, для себя или на продажу. Эта гипотеза правдоподобна, но менее распространена: в говорах слово «подтопель» встречается реже, чем «подтопель» в значении заливаемого места.

Суффикс -н- в основе указывает на признак: подтопельный — тот, кто относится к подтопели, живёт у неё. Такая модель типична для прозвищ, которые позже закреплялись как фамилии без дополнительных суффиксов принадлежности (-ов, -ин). Поэтому фамилия Подтопельный сохранила форму прилагательного, что отличает её от более частотных русских фамилий на -ов и -ин.

Точных сведений о географии фамилии и известных носителях нет — в открытых источниках такие данные не систематизированы. Но сама фамилия редкая и встречается в основном в регионах с развитой речной сетью, где разливы и подтопления были привычным делом.