Фамилия Подвойщик — один из тех редких случаев, когда профессиональное прозвище сохранилось в почти неизменном виде, без патронимических суффиксов. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые превратили бы её в стандартную русскую фамилию XIX века. Это указывает на то, что фамилия либо закрепилась в среде, где прозвища долго оставались основным именованием (например, на Украине или в Беларуси), либо была записана в документах поздно, когда модель на -щик ещё не успела обрасти суффиксом принадлежности.

Основа — «подвойщик», от глагола «подвоить» или «подваивать». В старом русском языке и диалектах это слово имело два основных значения. Первое, самое прямое — человек, который занимается подвоем, то есть прививкой растений, особенно плодовых деревьев. В садоводстве и огородничестве подвойщик — это специалист, который прививает черенок (привой) к корню (подвою). Второе значение связано с ткачеством: «подвой» — это нить основы, которую навивают на станок; подвойщик — работник, готовящий основу для ткацкого станка.

Какая версия правдоподобнее? Учитывая, что фамилии от ремесленных названий часто возникали именно в среде крестьян и ремесленников, обе имеют право на существование. Но в пользу садоводческой версии говорит то, что слово «подвой» в значении «прививка» было широко распространено в южных и центральных губерниях России, а также в украинских землях, где садоводство было развито. Ткацкая версия более узкая и локальная, характерная для регионов с кустарным ткачеством (например, Владимирская, Костромская губернии). Скорее всего, фамилия Подвойщик возникла независимо в разных местах, но в основе лежал именно садоводческий подвой.

С точки зрения словообразования, суффикс -щик (-чик) типичен для названий профессий: извозчик, стекольщик, бондарь (но тут другой суффикс). В фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, но не уникален: Подвойщик стоит в одном ряду с фамилиями типа Скорняк, Кожемяка, Плотник. Географически фамилия встречается в основном в западных и южных областях России, а также в Беларуси и на Украине, что косвенно подтверждает связь с садоводством.

В современном русском языке слово «подвойщик» почти вышло из употребления, сохранившись лишь в профессиональной ботанической лексике. Поэтому для носителя фамилии она звучит архаично и загадочно — но за ней стоит вполне конкретное занятие предка, который либо прививал деревья в барском саду, либо готовил основу для крестьянского холста.