Фамилия Подыногина — женская форма от Подыногин, и её происхождение стоит искать не в глаголе «поднять ногу», а в старом русском прозвище. Основа здесь — прилагательное «подногий» или наречие «под ноги», но не в бытовом, а в переносном смысле. Скорее всего, так в северных и центральных говорах могли назвать человека невысокого роста или того, кто ходил мелкими, семенящими шагами — буквально «глядя под ноги». Другая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище давали слуге или работнику, который постоянно находился у ног хозяина, то есть выполнял мелкие поручения. В этом случае Подыногин — «тот, кто под ногами» в социальном, а не в пространственном смысле.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Подыногин — «сын Подыноги» или «из семьи Подыноги». Сама основа «под-ног-» встречается в русских фамилиях редко, что делает Подыногиных носителями довольно уникального прозвища. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, эта не связана с профессией или крестильным именем, а целиком уходит в мир бытовых, часто ироничных прозвищ, которые давали по внешности или поведению.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. В дореволюционных переписях Подыногины фиксировались в Вологодской и Вятской губерниях, реже — в Пермской. Это объяснимо: именно в северных диалектах закрепилось слово «подногий» в значении «низкорослый», «приземистый». В центральных и южных губерниях фамилия почти не встречалась. Сословно — почти наверняка крестьянская, без дворянских корней. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не известно, что только подтверждает её народное, «земляное» происхождение.

Любопытно, что фамилия Подыногин могла писаться через «а» — Падыногин, что связано с северным аканьем. В старых метрических книгах встречаются оба варианта, но современная орфография закрепилась с буквой «о». Если искать родственные фамилии, то ближе всего стоят Подымаев, Подкопов, Подгорнов — все они образованы по схеме «под + существительное» и тоже описывали человека через его положение в пространстве или обществе.