Фамилия Поджюнас — редкий для России случай, когда окончание выдает литовское происхождение. Суффикс -ас (в русской передаче) указывает на мужской род в литовском языке, а сама основа восходит к слову padas — «подошва», «ступня», «низ». Исходное прозвище или фамилия Podž(i)ūnas, скорее всего, означала человека, жившего у подножия горы или в низине, либо того, кто носил прозвище «Подошва» — возможно, за широкую или плоскую ступню.

В литовской ономастике такие фамилии с суффиксом -ūnas (на русский лад — -юнас) характерны для юго-восточной части Литвы, особенно для Дзукии и окрестностей Вильнюса. Этот суффикс часто образовывал фамилии от прозвищ или названий занятий, указывая на принадлежность к чему-то: «сын того, кто…» или «человек, связанный с…». В данном случае — «сын Подошвы» или «человек из низины».

При переходе в русскую среду фамилия сохранила литовское окончание, не обрастая типичными славянскими суффиксами -ов или -ин. Это говорит о том, что носители, вероятно, переселились в регионы Российской империи уже в XIX веке, сохраняя свою этническую идентичность. Встречается фамилия и в польской записи Podżiunas, что отражает особенности польской транскрипции литовских звуков.

Родственные фамилии — Падас, Падавичюс, Подявин — имеют ту же основу, но разные модели образования. Поджюнас стоит особняком: она не «русифицировалась» и не утратила своего балтийского звучания, что делает её точным маркером происхождения из исторической Литвы.