Фамилия Покабатько — один из ярких примеров украинской модели образования фамилий на -ко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной и Слободской Украине (территории современных Черниговской, Полтавской, Сумской областей). Суффикс -ко в украинской ономастике выполнял роль уменьшительно-ласкательного или патронимического (указывал на происхождение от отца). В данном случае он присоединён к глагольной основе.

Корень фамилии — глагол «покабати» или «покабатися». В украинских говорах это слово имеет значение «покачиваться», «качаться», «шататься». Прозвище Покабатько могли дать человеку с характерной походкой — тому, кто ходил вразвалку, слегка покачиваясь. Возможен и переносный смысл: так могли назвать нерешительного, неустойчивого в решениях человека.

Менее вероятна, но допустима версия связи с диалектным «кабать» — «копать» или «долбить». В этом случае основа указывала бы на род занятий: землекоп, копальщик. Однако такая трактовка встречается реже, поскольку форма «покабатько» подразумевает скорее действие, обращённое на самого себя (возвратность), что больше подходит для характеристики манеры движения.

Фамилия Покабатько входит в круг однокоренных украинских фамилий: Покабатюк, Покабаченко, Покаба. Все они образованы от одного прозвищного корня, но с разными суффиксами, что типично для разных регионов Украины. Например, вариант Покабаченко мог возникнуть на западе, где суффикс -енко активнее вытеснял -ко.

В России фамилия встречается редко и почти всегда указывает на украинское происхождение носителя или его предков. Географически чаще всего её фиксируют в Краснодарском крае, Ростовской области и в южных регионах, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне.