Фамилия Покиндюков — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью скрывает исходное слово. На слух она кажется громоздкой и неочевидной, но на деле её разгадка лежит на поверхности, если отбросить привычку искать в основе славянский корень.

Вероятнее всего, Покиндюков — это русифицированная форма украинской или польской фамилии, образованной от прозвища Покиндюк. Само прозвище, скорее всего, восходит к глаголу «покидати» (кидать, бросать) или «покинь» (повелительное наклонение). Человек с таким прозвищем мог получить его за привычку бросать дела на полпути, либо, наоборот, за удальство — например, в значении «покинь дука» (дука — старинное название монеты или богача), то есть «бросай деньги» или «откажись от богатства». Вторая версия связывает фамилию с диалектным украинским словом «покиндючий» — непостоянный, изменчивый.

Суффикс -юк характерен для западных украинских и белорусских земель (Волынь, Подолье, Галиция). Он указывает на принадлежность к роду: Покиндюк — сын или потомок человека по прозвищу Покиндя. Окончание -ов — типичный русский патронимический суффикс, который добавили при переселении носителя в великорусские губернии или при оформлении документов в XIX веке. Таким образом, фамилия прошла двойную адаптацию: сначала местную (украинскую), потом общероссийскую.

Географически Покиндюковы встречаются редко, но основная масса носителей сосредоточена на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в центрально-чернозёмных областях, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне. В отличие от фамилий на -ов от профессий или имён, эта группа фамилий часто несёт отпечаток бытовой характеристики — прозвище могло быть шутливым или даже насмешливым, но со временем утратило первоначальный оттенок.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду редких конструкций: Покиндюков, Покидько, Покидов. Все они образованы от одного корня с разными суффиксами. Если сравнивать с более известными аналогами, то модель «глагол в повелительном наклонении + суффикс» дала множество русских фамилий (например, Березин, Держин), но в украинском варианте суффикс -юк встречается реже, что делает Покиндюкова необычным случаем.