Фамилия Покора в первую очередь отсылает к украинскому слову «покора» — «повиновение». Так нарекли бы покладистого, послушного человека. Но у того же слова имелся и второй оттенок: «непротивление судьбе», «смиренность». Поэтому прозвище Покора могло закрепиться либо за слабохарактерным, либо за тем, кто безропотно принял свою участь.

В русском языке слово «покора» тоже существовало, но с иным смыслом — «укор, упрек», а также «стыд, срам, поношенье». Эта разница значений показательна: на украинской почве фамилия скорее указывала на смирение и кротость нрава, тогда как в великорусских говорах прозвище могло звучать с осуждением, подчёркивая постыдность или вину. Народная память сохранила это слово в пословицах: «Слепота (глухота) не покора, а Божья воля», «Отцу-матери бесчестье, роду-племени покор», «Что рушано да не покушано — хозяйке покор».

Словообразовательная модель проста: прозвище Покора перешло в фамилию без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Такие бессуффиксные фамилии чаще встречаются на западе и юге России, а также в Беларуси и Украине, где прозвищные имена нередко закреплялись в исходной форме. Сын Покоры так и записывался — Покора, и лишь позднее потомки могли получить формы Покорин или Покоров, хотя исходный вариант остался самым распространённым.

Стоит отдельно сказать о возможной связи с глаголом «покорить». Если прозвище давали не за характер, а за обстоятельства жизни, оно могло означать «покорённый», то есть человек, оказавшийся в зависимости, попавший под чужую волю. Однако эта версия менее убедительна: в говорах, где слово бытовало, оно обозначало именно качество личности, а не событие.

География фамилии сегодня — преимущественно Украина и южные области России, что подтверждает украинское происхождение основы. Встречается она и у потомков украинских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке, куда фамилия пришла вместе с крестьянскими миграциями XIX века.