Фамилия Покойгородский — редкий пример, когда основа читается как законченная фраза: «покой города». В отличие от большинства фамилий на -ский, образованных от названий населённых пунктов (Покровский, Городецкий), здесь слово «город» стоит в родительном падеже, а не в форме прилагательного. Это сразу выдаёт нестандартное происхождение — скорее всего, перед нами не топонимическая фамилия, а прозвищная, перешедшая в фамилию по модели «чей?» — Покойгородского сына.

Само прозвище Покойгород могло означать человека, который обеспечивал покой в городе: миротворца, блюстителя порядка, а то и просто тихого, неконфликтного жителя. В русских говорах «покой» — не только отсутствие тревоги, но и состояние мира, лада. Встречается и другое прочтение: «покой» как обитель, приют. Тогда Покойгород — тот, кто даёт приют, держит постоялый двор или странноприимный дом. Обе версии логичны, но вторая исторически более весома: в XVI–XVII веках прозвища по роду занятий часто строились по схеме «глагол + объект» (например, Пустозвонов, Держидерево).

Суффикс -ский указывает на то, что фамилия оформилась скорее в среде духовенства или служилых людей, реже — у мещан. В среде крестьянства такие фамилии на -ский обычно искусственные, данные при переписях или в семинариях. Однако для Покойгородского это маловероятно: семинарские фамилии редко строили из столь конкретного бытового прозвища, обычно брали возвышенные или церковные понятия.

Географически фамилия крайне редка. В дореволюционных справочниках она почти не встречается; единичные носители фиксируются в южнорусских и малороссийских губерниях — там, где в говорах слово «покой» сохраняло значение «комната» или «жильё». Это косвенно подтверждает версию о прозвище, связанном с жильём или постоялым двором. В современной России фамилия встречается буквально единицами.

Таким образом, Покойгородский — скорее всего, потомок человека, которого прозвали за его мирный нрав или занятие, связанное с предоставлением крова. Фамилия не укладывается в стандартные топонимические схемы и потому особенно интересна для семейного историка.