Фамилия Полуницкий принадлежит к распространённому типу польских и украинских фамилий с суффиксом -цкий (-ский). Такое окончание указывало на дворянское или шляхетское происхождение либо на связь с географическим названием. В основе фамилии лежит топоним — скорее всего, село или местечко Полуницы, Полуничи или подобное. Такие названия встречались на территории бывшей Речи Посполитой: например, в Волынской или Подольской губерниях. Человек, получивший фамилию Полуницкий, был либо выходцем из этого поселения, либо владел землёй в нём.

Корень «полун-» может восходить к слову «полуница» — так в ряде славянских говоров называют землянику или клубнику. В этом случае прозвище Полуница дали человеку за любовь к ягодам, за румяный цвет лица или за то, что он торговал земляникой. От прозвища затем образовали фамилию по типичной модели: Полуница → Полуницкий. Менее вероятная, но возможная версия — связь с древнерусским словом «полон» (плен) или с личным именем Полун (уменьшительное от Полуект, то есть Полуевкт).

В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще носили крестьяне и мещане, фамилии на -цкий в XVIII–XIX веках закрепились за духовенством и мелкопоместной шляхтой. Поэтому предки Полуницких могли быть священниками или небогатыми дворянами. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, все носители восходят к одному роду из конкретного села. В современной России и Украине фамилия редкая, но сохранилась в западных областях.